健康診断や人間ドックの税務上の取扱

会社は、労働安全衛生法で、従業員に健康診断を受けさせることが義務付けられています。そのため、会社が負担した健康診断や人間ドックの費用は、基本的に福利厚生費として経費になります。ただ、扱いを間違えると、受けた人に給与として課税されることがあります。

全員が対象なら課税されない

健康診断や人間ドックの費用は、本来会社が負担すべきものなので、全従業員を対象にしたものであれば、給与として課税されることはありません。

特定の人だけが対象だと課税される

ただし、役員だけ、部長以上だけなど、特定の人だけが受けられる場合は、会社がその人たちに利益を与えていることになるので、給与として課税されます。社員旅行などほかの福利厚生と同じ考え方です。

年齢で区切るのは問題ない

「35歳以上は人間ドックも受けられる」など、年齢で区切ることは問題ありません。国税庁の質疑応答事例でも、一定の年齢以上の希望者全員が受けられ、受けた人全員の費用を会社が負担する場合は、課税しなくてよいとされています。

国税庁 質疑応答事例「人間ドックの費用負担」より（抜粋）

役員や特定の地位にある人だけを対象としてその費用を負担するような場合には課税の問題が生じますが、役員又は使用人の健康管理の必要から、雇用主に対し、一般的に実施されている人間ドック程度の健康診断の実施が義務付けられていることなどから、一定年齢以上の希望者は全て検診を受けることができ、かつ、検診を受けた者の全てを対象としてその費用を負担する場合には、給与等として課税する必要はありません。

つまり、次の条件がそろっていれば、課税されません。

• 健康診断は、全従業員が受けられる
• 人間ドックは、一定の年齢以上なら誰でも受けられる
• 受ける人間ドックが、一般的に行われている程度のものである

高額なものは認められない

上の事例でも「一般的に実施されている人間ドック程度」とされているように、著しく高額な検診は認められません。

所得税基本通達36-29（課税しない経済的利益……用役の提供等）より（抜粋）

使用者が（中略）役員又は使用人の福利厚生のための施設の運営費等を負担することにより、当該用役の提供を受け又は当該施設を利用した役員又は使用人が受ける経済的利益については、当該経済的利益の額が著しく多額であると認められる場合又は役員だけを対象として供与される場合を除き、課税しなくて差し支えない。

どのくらいなら「一般的」かは、医療機関のコースや料金の相場を目安に判断するとよいでしょう。社員旅行の考え方も同じなので、「社員旅行、いくらまでなら給与課税されないの？」もあわせてご覧ください。

社長ひとりの会社ではどうなる？

なお、個人事業主の場合、本人の健康診断費用は必要経費になりません。従業員の分は必要経費になります。

消費税の扱い

健康診断や人間ドックは、健康保険が使える診療（社会保険診療）ではないので、消費税がかかります。会社が負担した費用は、消費税の課税仕入れになります。

本人に現金で渡すと給与になる

間違えやすいのが、都合で健康診断を受けられなかった従業員に、その分の費用を現金で渡してしまうケースです。この場合、受け取った現金は給与として課税されます。

健康診断や人間ドックの費用は、会社から医療機関に直接支払うようにしましょう。